Veda pomáha: Desatoro bezpečných vianoc

Skupina odborníkov a vedcov spojených do iniciatívy Veda pomáha vypracovala Desatoro bezpečných Vianoc. Tieto odporúčania sú apolitické a boli komunikované aj s pomocou prezidentky Čaputovej. 

Sneh

Prvý snow day tejto zimy. V noci napadlo kúsok viac ako 20cm snehu. (Aj keď predpoveď bola na 40cm).

Robili sme pokus. Každý dal čiaročku na fľašu, do ktorej sme nabrali čerstvý sneh, podľa svojho odhadu na koľko vody sa tento sneh roztopí. Vačšina čiaročkárov ostala prekvapená. 

No a potom samozrejme snehuliaci. Toho prvého sme našli na prechádzke, druhého postavili deti u nás na dvore a tretieho vyrezal chlapík z ľadu v meste.

Víkendové surfovanie

path to herd immunity (model)

At the time herd immunity is reached, roughly half of the immunity will be achieved through natural infection, and the other half will be achieved through vaccination… This translates to a final US COVID-19 death toll of roughly 500,000 (±100,000) reported deaths, or ~200,000 additional deaths since mid-December 2020.

Statistics in the Pfizer Data – how good do they show the vaccine to be?

when I first started reading about possible vaccines many months ago, I never found any virologist who predicted we would have a vaccine that was more than than 70% effective. To have a vaccine that is likely about 95% effective for people 18-64 is nothing short of a medical miracle: we really lucked out…

So now let’s look at some individual lines from the table above and tease out just what the signal is. The major line is for people 18-64 and we had enough cases to say that our 94.6% efficacy average for the vaccine has a 95% confidence interval runs from 89.1 to 97.7. So what the biostatisicians who analyzed the data are telling us is that, roughly speaking, if we bet that this vaccine is between 89.1% and 97.7% effective for this group, this is an awfully good way to bet and we will win 95% of the time…

For people 65 to 74, while the average number (92.9%)  looks great, the confidence interval is not. It says that what we can say, roughly speaking, that a bet that the efficacy is between 53.2 to 99.8 is a good bet. Or, I would say you really don’t have a great way to bet. This kind of confidence interval says that didn’t have enough cases in this group to really say much at all and so the confidence range is too large to be really useful. 

And when we get to people over 75, what they describe isn’t a confidence interval, it’s a joke. A confidence interval of -12.1 to 100 is a lot like saying they threw a bunch of darts at a dart board at random and did everything from hit bystanders (i.e. the vaccine made things worse) to perfect protection. Who would make any bets on what is going on in this situation? They simply didn’t have enough cases to say anything meaningful and so what they say is just totally useless.

joylessness of cooking

In theory, I love to cook. I’ve been reminding myself of this lately, repeating it almost like a mantra,

I should have loved biology

I’ve never come across a subject so fractal in its complexity. It reminds me of computing that way. A day of programming might involve constructing an elaborate regular expression, investigating a file descriptor leak, debugging a race condition in the application you just wrote, and thinking through the interface of a module. Everywhere you look—the compiler, the shell, the CPU, the DOM—is an abstraction hiding lifetimes of work. Biology is like this, just much, much worse, because living systems aren’t intentionally designed. It’s all a big slop of global mutable state. Control is achieved by upregulating this thing while turning down the promoter of that thing’s repressor. You think you know how something works—like when I thought I had a handle on the neutrophil, an important front-line player in the innate immune system—only to learn that it comes in several flavors, and more are still being discovered, and some of them seem to do the opposite of the ones you thought you knew. Everything in biology is like this. It’s all exceptions to the rule.

Poland Uses Clams To Control Its Water Supply

the main water pump has 8 clams that have triggers attached to their shells. If the water gets too toxic, they close, and the triggers shut off the city’s water supply automatically

AlphaFold predicts the exact shape of proteins

V rámci dnešnej Kubkovej úlohy zo slovenčiny

Kubo: Ako sa volá taká veta, ktorou si niečo praješ? Opytovacia?
Ja: Ty si niečo praješ otázkou?
Kubo: Tak priacia? 
Ja: Teplejšie…
Kubo: ???
Ja: Začína na ž.
Kubo: Žobracia?

Na jednu dôležitú vec sa zabudlo

Deti nám zatiaľ stále chodia do školy (klop, klop na drevo). Kubo každý deň, Kika každý druhý. V oboch školách už boli pozitívne prípady, ich kontakty dali do izolácie a ide sa ďalej. Stredná škola v našom meste už bola zavretá na dva týždne, lebo mala naraz viacero prípadov, potom ju otvorili a zrovna dnes ju zavreli znovu, tentoraz až do vianoc.

Sledujeme dianie aj v Kikinej a Kubovej slovenskej škole, s ktorou sme v kontakte. Tam sa Kikina trieda už nejaký čas učí z domu, lebo je to druhý druhý stupeň, a dnes prišlo oznámenie, že osobne pôjdu do školy najbližšie až po vianočných prázdninách. Kubova slovenská trieda bola ešte do minulého týždňa osobne, ale teraz sú tiež na diaľku, lebo boli v kontakte s pozitívne testovanou osobou. 

A popri tom sledujeme správy, ako sa nedokážu premiér s ministrom školstva dohodnúť. Určite som zaujatá, keďže mám doma dve školopovinné deti, ale myslím, že aj keby som nemala, tak školy by som považovala za jednu z vecí, ktorá má byť otvorená, ak to len aspoň nejako ide. Nech sa lokálne alebo po triedach zatvoria keď treba, ale nechať slovenské deti na druhom stupni a na stredných školách plošne tak dlho doma je veľmi zlé. Podmieňovať otvorenie testovaním, ktoré školy nemajú veľmi ako organizovať a štát im v tom nepomáha? To je scestné a škodlivé.

V októbri som písala, prečo sa mi plošné testovanie nezdalo ako dobrý nápad. Testovanie prebehlo, odhalilo veľa pozitívnych ľudí, čo bola skutočne dobrá vec. Ale je na mieste otázka, prečo je potom Slovensko teraz na tom ešte horšie ako vtedy? Pretože to, čoho je na Slovensku (a inde vo svete) málo, je dohľadávanie kontaktov.

Obrázok od https://www.pixeltrue.com/frontliner-heroes

Dnes v správach minister zdravotníctva povedal, že naše jediné riešenie je masívne testovanie plus lockdown. Dohľadávanie ani nespomenul. Zabudol? Testovanie v kombinácii s lockdownom je ako nechať pacientovi spraviť vyšetrenia, ale prečítať si iba polovicu jeho výsledkov a pre istotu ho poslať na drastickú operáciu. Bez dohľadávania kontaktov je testovanie oveľa menej prínosné, ako by mohlo byť. A plošný lockdown buď bezzubý alebo príliš prísny, podľa toho, ako tvrdo sa ho rozhodnú spraviť (to vraj povedia až zajtra). 

Ono sa zjavne nejako tie kontakty dohľadávajú, napr. aktuálne tá Kubova slovenská trieda. Ale veľa ich stále “preteká cez prsty” a nevyzerá, že by boli tie, ktoré sa podarí dohľadať, poriadne izolované. (To by sa dalo docieliť povedzme finančnou motiváciou ostať doma alebo, ak to nepôjde inak, udelením pokuty.) 

Úrady verejného zdravotníctva majú práce vyše hlavy, ale na dohľadávanie kontaktov predsa netreba zdravotníkov. Máme call-centrá, ktoré by sa dali zapojiť (napr. tie ktoré súvisia s cestovným ruchom…) a ktoré majú skúsenosti so slušným jednaním s ľuďmi. Zamerať sa na spätné dohľadávanie, keďže väčšina ľudí sa nakazí od malého počtu šíriteľov. Vysvetľovať ľuďom (a niekde dostupne, jasne a podrobne zverejniť), ako majú sami upovedomiť svoje kontakty, ak majú pozitívny test. Vysvetľovať, koho počítať ako kontakt. Kolega v spoločnom open office? Deti, ktoré sa spolu naháňajú vonku?

Bez dôsledného dohľadávania kontaktov, ich poriadnej izolácie a premysleného logického (“zubatého”) plánu, aké opatrenia majú za akých podmienok platiť, to bude aj ďalej chaotické prepínanie medzi rôznymi variantami lockdownu a testovaním, ktorého informačnú hodnotu nevyužívame naplno.

Vakcíny sú už na ceste, ale ešte si na ne pár mesiacov počkáme. Počas tých pár mesiacov to bude ťažké a ešte aj zaočkovaný človek môže vírus ďalej šíriť, čiže potrebujeme plán až do doby, keď bude dostatočne veľa ľudí zaočkovaných.

Winter is coming a ľudia majú všetkého plné zuby. To nie je dobrá kombinácia.

Dve prednášky

Aj noc výskumníkov bola tento rok len virtuálne, ale dostala som pozvanie prednášať (o bunkách a o matematickom modelovaní) na gymnáziu v Žiline, kde som študovala a bolo to fajn:

A potom pre deti na online sústredení Sezamka:

Kika aj Kubo boli so mnou a spolu s ostatnými spolupútnikmi virtuálne v Grónsku a kombinovali, akí psí rodičia môžu mať akých všelijakých potomkov.

  

Brusnicovo-citrónový koláč

Brusnicový okrúhly koláč na deň vďakyvzdania bol fajn, len ho bolo málo. Ale brusníc bolo našťastie dosť, takže som skúsila ešte jeden iný. Tento je kyslý, ale takým dobrým spôsobom. 

na brusnicovú vrstvu:
1 balík/350g čerstvých alebo mrazených brusníc
3/4 šálky/150g krupicového cukru
nastrúhaná kôra z 2 alebo 3 citrónov

na cesto:
1 a 1/2 šálky/190g múky
1/3 šálky/65g krupicového cukru
1 čajová lyžička soli
1 čajová lyžička vanilkového extraktu
1 a 1/2 stick/170g roztopeného masla 

na citrónovú vrstvu:
1 šálka/200g krupicového cukru
1/4 šálky/30g múky
štipka soli
3 vajcia
šťava z 2 alebo 3 citrónov (asi 1/2 šálky)

Uvaríme brusnice s cukrom, 3 polievkovými lyžicami vody a citrónovou kôrou na taký lekvár – asi 10 minút. Necháme chladnúť. Vystelieme plech papierom na pečenie. V mise zmiesime všetky prísady na cesto a prstami rovnomerne roztlačíme na plech. Pečieme na 350F/180C 17-20 minút, kým nezačne zľahka hnednúť na okrajoch.  

Kým sa cesto pečie, pripravíme citrónovú vrstvu. Premiešame cukor s múkou a soľou. Zľahka vmiešame vajíčka. Pridáme citrónovú šťavu a opäť miešame len koľko najmenej treba, aby sa všetko spojilo. 

Na upečené cesto natrieme brusnicovú zmes a potom navrch opatrne nalejeme citrónovú tak, aby vznikli dve vrstvy. Plech vrátime do rúry a pečieme ešte približne 20 minút, kým citrónová vrstva nestuhne. Najskôr necháme vychladnúť vonku a potom dáme plech do chladničky aspoň na 2 hodiny. Krájame stuhnuté. 

pozn.: Ten koláč na obrázku je z dvojnásobnej dávky. Skoro mi vytiekol z plechu. Nabudúce spravím predsalen iba z jednej dávky a dám ho do hlbšieho plechu s polovičnou plochou.

Čo sme s deťmi čítali v poslednej dobe

Cez deň čítajú sami, ale večer si čítame spolu nahlas. Nejako ich to tak viac baví a dá sa pri tom porozprávať. A hovorím si, že takéto preberanie rôznych situácií a reakcií a čo si kto myslí a prečo robí to, čo robí, určite neuškodí Kike, čo sa týka navigácie v interakciách s ľuďmi, či už veľkými alebo malými. 

Tu sú knižky, ktoré sme spolu čítali v poslednej dobe:

Randall Munroe (autor komixu xkcd): Začali sme s What if? a tá sa im tak páčila, že sme si potom požičali aj Thing explainer a How to? Neprečítali sme v nich úplne všetko, lebo niektoré témy deti až tak nechytili, ale to, čo sme čítali, bolo zaujímavé a zábavné – výborná kombinácia.

Andrew Clements: Kubo na jednej hodine v lotérii dostal Frindle, knižku o chlapcovi špekulantovi, ktorý sa rozhodol zaviesť do jazyka nové slovo. A potom sme si požičali aj The report card o dievčati, ktorému sa nepáči, ako funguje známkovanie. Táto mala ešte väčší úspech. Ďalšia v poradí bude The losers club
 
Keď teraz tak pozerám, tak celkom u nás fičia realistic fiction knižky zo školského prostredia: There’s a boy in the girl’s bathroom, Wonder, The Julian chapter (tieto posledné dve mala Kika v rámci Battle of books krúžku), New Kid (Kikina v rámci angličtiny), The Unteachables, The homework machine (táto nie je úplne realistic fiction), The last fifth grade of Emerson Elementary (Táto je napísaná v básničkách a je výborná. A bola som prekvapená, ako sa deťom páčila. Z básničiek ešte Can I touch you hair? ale tá sa viac páčila mne ako deťom.)
 
Z non-fiction okrem Munroea ešte Two truths and a lie (veľmi dobrá, skúsime zohnať aj ďalšie zo série) a G is for googol (ešte sme nedočítali, ale zatiaľ fajn).
 
Krátka chuťovka: The book of mistakes.
 
Skúsili sme A wrinkle in time. Dočítali sme síce, ale bez veľkého nadšenia. V sci-fi sa stále hľadáme, v poličke už je nachystaný ďalší pokus o Clarka. Čo sa týka fantasy, začali sme The dragonet prophecy, uvidíme, ako to pôjde.
 
A ešte The breadwinner. Táto bola tiež z Kikinho krúžku. Z nej boli dosť prekvapení, keď zistili, že to je síce fiction, ale realistic fiction. Veľa komentárov okolo nej bolo. Nie, že by sa im nejako veľmi páčila, znepokojovala ich. Myslím, že je dobre občas prihodiť do zmesi niečo takéhoto typu.

Brusnicový koláč (tart)

Nuž, Thanksgiving… Zákusok po moriakovej večeri vraj má byť pumpkin pie. Problém je v tom, že ani mne, ani deťom nechutí. Možno sme ešte nejedli dobrý pumpkin pie a niekedy zmeníme názor, ale zatiaľ bolo treba na deň vďakyvzdania vymyslieť iný koláč. Ukázalo sa, že susedka tiež nemá rada tekvicový a že na Thanksgiving robí tento. Brusnice zneli sľubne, tak sme vyskúšali.

na cesto:
1 a 1⁄4 šálky/180g mletých orechov
1 šálka/125g múky
1⁄4 čajovej lyžičky soli
1⁄2 šálky/110g cukru
6 polievkových lyžíc/90g masla

na brusnicovú plnku:
1 balík/340g brusníc
1 šálka/220g cukru
kôra a šťava z 1 pomaranča (asi 1/2 šálky)
1 stick/110g masla
2 vajcia + 2 žĺtky

Vymiešame maslo s cukrom, pridáme orechy, múku a soľ. Ak je zmes príliš drobivá, pridáme ešte trošku studenej vody. Prstami cesto uťapkáme do okrúhlej formy (~25cm) a popicháme vidličkou. Dáme do mraziaka aspoň na 30 minút (ale pokojne aj na pár dní).

Zohrejeme rúru na 350F/180C a vychladené cesto pečieme približne 15 min, kým nebude svetlohnedé. Kým sa cesto pečie a chladne, pripravíme brusnicovú plnku. Do malého hrnca dáme brusnice, cukor, pomarančovú kôru a šťavu. Varíme na miernom ohni, až kým brusnice nepopraskajú a nezmäknú na taký lekvár (~10 min). Kým je to ešte teplé, vložíme maslo a necháme rozpustiť. 

V mise trochu rozšľaháme vajíčka a bielka a postupne vmiešame brusnicovú zmes. Vrátime všetko do hrnca a varíme ešte ďalších zhruba 10 minút na miernom ohni, kým zhustne a začne bublať. Necháme vychladnúť. Nalejeme na upečené cesto a zarovnáme. Pečieme na 350F/180C ešte 10 minút. 

pozn.: V pôvodnom recepte je, že uvarené brusnice treba rozmixovať a prepasírovať cez jemné sitko, aby sme dostali hladkú tekutinu. Ja som nemala mixér a nechcelo sa mi špiniť sitko (a vyhadzovať to, čo by ostalo). Tak som ich len popučila a nechala tak. Esteticky to síce nie je úplne ono, ale chuťovo žiadna ujma. Tie pekne hladké koláče na poslednom obrázku sú susedkine.

Minimalizovať prekvapenie? (+ Thanksgiving)

Jedna z vecí, ktorá ľuďom v tento covidový rok dosť vadí (aspoň mne teda veľmi), je, že nemôžeme robiť veci, na ktoré sme zvyknutí. Keď trochu preženiem, tak istým spôsobom sme asi vyvinutí tak, že naše mozgy stále bayesovsky vyhodnocujú dianie a robia predpovede, čo bude ďalej a vadí im, keď tieto predpovede nevyjdu. Aj naše správanie má trochu tendenciu ísť v duchu “veď keď budem robiť to, čo ma nezabilo predtým, snáď prežijem aj teraz”.

Zvyky, rutina, rituály, to všetko nám uľahčuje život. Mozog je počítač, ktorý má nejakú kapacitu a ak môže, tak rád siahne po už predpočítanej stratégii (v bežných veciach) a venuje sa zaujímavejším témam. Ale ak sa každú chvíľu menia pravidlá a stále treba zvažovať aj tú istú situáciu v novom kontexte a aj po zvážení predpovede často nevychádzajú, je to frustrujúce. 

Z toho mi tak nejako vychádza, že keď je všetko na nervy, keď ma rozčuľujú nelogické chaotické pravidlá, o ktorých počúvam v slovenských správach (a ktoré sú jedným z dôvodov, prečo tento rok necestujeme na Vianoce na Slovensko), keď sledujem, ako sa vyvíjajú počty prípadov lokálne a globálne a rozmýšľam, ako to ovplyvní naše školy a domácu ponorku… tak trochu pomáha vyrábať si svoju vlastnú domácu rutinu. Nie úplne do takej miery, aby všetko bola nuda, ale aby boli pravidelné opakujúce sa dobré veci, na ktoré sa dá spoľahnúť. (To samozrejme pomáha iba, kým nie je príliš veľká kríza… na také recept zatiaľ nemám. Len mantru, že “aj toto je len fáza, aj toto prejde”.)    

Mierne mimo tému, ale nie úplne: Jeden z takých dobrých zvykov, ktoré sme mali, bolo trávenie sviatkov Vďakyvzdania s kamarátmi. Som tak spomínala, kde a s kým sme boli v tých rokoch, keď sme bývali v Amerike. A toto mi vyšlo:

2007: doma s čínskymi spolu-phd-študentmi
2008: s kamarátmi Slovákmi v Minneapolis
2009: s inými kamarátmi Slovákmi v Metuchene (New Jersey)
2010: ešte s inými kamarátmi Slovákmi v Severnej Karolíne 
2011: po troch rokoch opäť v Minneapolis

Potom pár rokov na Slovensku bez moriaka. A teraz síce opäť v USA, ale cestovať sa veľmi nedá, takže doma. Pozvali sme susedov z domu oproti. Sú zo Sri Lanky, deti spolu chodili minulý školský rok do triedy a teraz sa spolu hrávajú. Pre nich to bol prvý Thanksgiving, takže boli zvedaví, ale ukázalo sa, že večera samotná ich veľmi nenadchla. Zato po dezerte sa zaprášilo.